Фауна Германии значительно за тысячи лет освоения территории была очень сильно обеднена в результате бесконтрольного истребления многих видов животных (преимущественно копытных и хищных) и уничтожения привычных местообитаний. На территории Германии представлено 503 вида птиц и только 76 видов млекопитающих. В прибрежной полосе Балтийского и Северного морей сосредоточены крупнейшие зимовки водоплавающих птиц. В предгорьях Альп сохранились фрагменты условно-коренных фаунистических комплексов – горнолесного, альпийского и субальпийского. Численность некоторых копытных (косули, благородного оленя, кабана) почти повсеместно поддерживается за счёт разведения этих животных для охоты. Основная роль в процессе сохранения и восстановления редких видов фауны и флоры отведена охраняемым природным территориям, а также многочисленным питомникам и зоопаркам.
В Германии свыше 7,6 тысяч охраняемых природных территорий, занимающих 31,7% площади страны (2003), в том числе 14 биосферных резерватов ЮНЕСКО общей площадью 1559 тысяч га, включая акватории (Ваттенмер Шлезвиг-Гольштейна, Речной ландшафт Эльбы, Рён и др.), 31 водно-болотное угодье международного значения общей площадью 829 тысяч га; 15 национальных парков (около 130 тыс. га), из которых только Берхтесгаден, Баварский Лес и Ясмунд соответствуют требованиям, предъявляемым к категории национальных парков на международном уровне; 87 природных парков; несколько тысяч областей охраняемой природы (с режимом заказников) и памятников природы. В список Всемирного наследия включены местонахождение ископаемых остатков эоценовой флоры и фауны, вскрытых карьером Мессель (близ города Дармштадт), ландшафтный парк Мускер (частично в пределах Германии).
