Гетероаллелизм (от гетеро... и аллели), существование гена в двух или более формах, различающихся между собой тем, что изменения (мутации) затронули разные участки внутри гена. Эти изменения определяют особенности белка, синтез которого контролируется разными формами гена — гетероаллелями. Для гетероаллелизма характерна рекомбинация (перегруппировка генов) между аллелями, частота которой зависит от расстояния между измененными участками. Явление гетероаллелизм изучено на основании генетических экспериментов с бактериями, фагами и дрожжами. Ср. Гомоаллелизм.